科技档案的整理工作，就是按照一定的原则和方法，对科技档案进行系统整理和编目，并将其内容与成分揭示出来的一种工作。
科技档案的系统整理，包括对于科技档案的科学分类、组织、保管单位和有秩序地排列。科技档案全部整理工作，是通过归档前将科技文件材料组成保管单位，并将保管单位进行基本编目，然后在归档后所进行的工作。
整理内容包括组卷、排列、编目、装订、入库上架等工序，由科技档案部门独立完成。
1.组卷
（1）科研档案的组卷
按照课题阶段分别组卷，包括可行性研究、立项、方案论证、研究实验、总结鉴定、成果和知识产权申报、推广应用等阶段。
（2）项目档案的组卷
项目前期文件、项目管理文件：按照事由结合时间顺序组卷。
招标投标、合同文件：按招标的标段、合同组卷。
勘察、设计文件：按阶段、专业组卷。
施工技术文件：按照单位工程、分部工程或装置、阶段、结构、专业组卷。
竣工图：按建筑结构、水电、暖通、电梯、消防、环保等顺序组卷。
原材料质量证明文件：按单位工程组卷。
信息系统开发文件：按应用系统组卷。
设备文件：按专业、系统、台/套组卷。
监理（监造）文件：按监理的合同标段、事由结合文件种类组卷。
科研项目文件：按科研项目（课题）组卷。
竣工验收文件：按工程阶段、事由结合时间顺序组卷。
（3）设备档案
按设备的台（套）为单位组卷，一台（套）设备可以组成一卷或者若干卷。
2.案卷排列
科技档案案卷排列要遵循其形成规律，按照系统性、成套性的特点进行排列。
（1）科研档案的排列
按课题可行性研究立项、方案论证、研究实验与过程管理、总结鉴定、成果和知识产权申报、推广应用等阶段排列。
（2）项目档案的排列
项目前期文件、项目管理文件：结合主题、事由按时间顺序排列。
施工文件：按照综合管理、施工技术支撑、施工（安装）记录、检测试验、评定验收的顺序排列。
信息系统开发文件：按照需求、设计、实施、测试、运行、验收的顺序排列。
设备文件：质量证明、开箱验收、随机文件、安装调试、检测试验和运行维修的顺序排列。
监理文件：按照依据性、工作性文件顺序排列。
（3）设备档案的排列
按照购置文件、随机文件、安装文件、使用维护文件等顺序排列，数量较少的也可以直接按照年度大流水排列。
3.卷内文件排列
科技档案卷内文件一般应文字在前，图样在后；译文在前，原文在后。案卷内管理性文件按问题结合时间（阶段）或重要程度排列。
（1）图样文件排列：
形成时编制了图样目录，只需要按已编制的图样目录顺序排列即可。
形成时没有编制图样目录，排列图样一般按总体和局部关系排列。排序为：总体布置图、系统图、平面图（立面图、剖面图）、大样图等。
总体性、综合性的图样在前，局部性的图样居中，细部的、大样性的图样在后。
（2）文字文件排列：
按重要程度排列，重要文件在前，次要文件在后：按时间排列，按照科技文件的形成时间或者内容所反映的时间排列；按照科技文件之间的逻辑关系排列，对反映同意问题的来问和复文，正文和附件，复文在前，来文在后，正文在前，附件在后，正本在前，定稿在后。
（3）图文混合文件的排列：
案卷内的文字文件对整个对象（产品、工程、课题等）或整个案卷（部件、专业等）或多份图样进行的总体说明，则文字文件在前，图样在后；案卷内的文字文件只是对案卷内的某份图样文件进行补充或局部性的说明的，则图样在前，文字在后。
4.装订
（1）去除易氧化的金属装订用品。
（2）卷内文件超出卷盒幅面的，应折叠。图纸要按A4大小折叠成手风琴式。
（3）对于破损的、小于A4幅面的文件要修复和托裱
（4）成册的科技文件小于A4幅面的保持原样不变。
（5）以件为单位装订的，在每件文件的首页右上角加盖档号章。
（6）一般采用三孔一线的方式装订。
5、编写卷内文件页码
（1）卷内文件以件为单位编写页码，以有效内容的页面为一页。
（2）统一采用阿拉伯数字从“”开始依次标注。
（3）印刷成册的已有也好的文件可以不再重新编写页码。如成套图样、说明书、论文等，在编制时已经编有页码，就不必另行重复编码。
（4）卷内目录、卷内备考表不编写页号。
6.编制卷内目录
卷内目录应排列在卷内文件首页之前。
（1）序号：使用阿拉伯数字从01起一次标注卷内文件的顺序。
（2）文件编号：填写文件文号或图样的图号、设备代号、醒目代号。
（3）责任者：填写文件形成者或第一责任者。
（4）文件题名：填写文件或图纸的全称，文件没有题名的，应由立卷人根据文件内容拟写题名。
（5）日期：填写文件或图纸的形成时间，要求以8位阿拉伯数字标注年月日。
（6）页号（以卷为单位装订）：填写每件文件首页上标注的页号，最后一件文件写起止页号。
（7）页数（以件为单位装订）：卷内文件以件为单位，采用不装订组卷的，填写每件文件总页数。
7.填写案卷封面和脊背
（1）档号：由全宗号、分类号（项目代号或者目录号）、案卷号组成：
全宗号：需向档案馆移交的档案，其全宗号由负责接收的档案馆给定，不向档案馆移交的科技档案可不填写全宗号。
分类号：根据本单位分类方案设定的类别号确定。
项目代号：由所反映的产品、课题、项目、设备仪器等的型号、代字或者代号确定。
目录号：目录编号。
案卷号：填写科技档案按一定顺序排列后的流水号。
（2）案卷题名：
简明、准确的揭示卷内科技文件的内容，主要包括产品、科研课题、建设项目、设备仪器名称或者代号，结构、阶段名称、文件类型名称等。
（3）立卷单位：
填写负责组卷部门或者单位。
（4）起止日期：
填写卷内科技文件形成最早和最晚时间，以8位阿拉伯数字标注年月日。
（5）密级：
填写卷内科技文件的最高密级。
（6）保管期限：
填写组卷时依照有关规定划定的保管期限。
8.填写卷内备考表
（1）互见号：
填写反映同一内容而载体不同且另行保管的档案的档号，并在括号内注明其载体类型。
（2）说明：
标明案卷内全部文件的件数、页数，卷内文件残缺破损的情况，在组卷和案卷提供使用过程中需要说明的问题。
（3）立卷人：
由立卷责任者签名，一般是档案整理者。
（4）立卷日期：
填写完成立卷的时间。
（5）检查人：
由案卷质量审核者签名，一般是科技项目的负责人，或者档案室主任、鉴定小组组长。
（6）检查日期：
填写案卷质量审核的时间。
9.编制案卷目录
案卷目录是案卷的名册，是著录案卷内容并固定档案的分类体系和案卷排列顺序的一览表，是档案检索、统计和管理的必要工具。科技档案案卷目录一般按照一级类目分别编制，即科研、项目、设备档案分别编制案卷目录。
案卷目录上的档号、案卷题名、保管期限应与案卷封面上的内容一致。
10.入库上架
按照档案密集架从上到下，从左到右的顺序进行排列。科技档案一般归档周期长，一个项目的科技档案不一定能够一次完成。所以，科技档案排架按最小类目进行排列，并在后面都要留有相应空间，以便存放新增档案。
